Авторы новой работы создали свою технику секвенирования ДНК с пространственным разрешением, ее назвали slide-DNA-seq. Новый подход к секвенированию ДНК — Slide-DNA-seq — анализирует срезы неповрежденной ткани, в которых каждая клетка остается на своем первоначальном месте. Это отличает подход от обычных методов секвенирования, где клетки диссоциируются перед извлечением ДНК.

Во время использования метода авторы применили мельчайшие шарики, каждый из которых был помечен уникальным пространственным штрих-кодом и прикреплен к специально подготовленным предметным стеклам, для захвата ДНК из ткани.

Каждый шарик размером с клетку. Вместе они похожи на пиксели на камере, которая делает снимки геномных изменений в каждой клетке ткани, – Фэй Чен, сотрудник Института Брода.

После фиксации геномных изменений исследователи использовали метод Slide-seq на основе РНК, его разработали еще в 2019 году. В нем используются профили экспрессии генов, чтобы определить и распознать типы и подтипы клеток в срезе ткани.

Мы можем использовать одни и те же шарики для захвата транскриптома из каждой клетки, а также объединить эти два измерения в мультимодальное изображение., – Фэй Чен, сотрудник Института Брода.

Иначе говоря, исследователи могут видеть изменения как в ДНК клеток, так и в экспрессии генов.

Исследователи применили эту технику к модели метастатического рака у мышей, а также к образцу первичной опухоли у пациента с колоректальным раком. В каждой ткани исследователи смогли идентифицировать субпопуляции раковых клеток в различных регионах, соответствующих уникальным эволюционным путям генома и состояниям экспрессии генов.