Исследователи из России и США разработали простой способ исследования суперэнхансеров в данных ДНК метилирования. Благодаря ему у больных с опухолями головы и шеи удалось обнаружить 159 характерных для них суперэнхансеров, регулирующих работу 150 генов из ассоциированных с онкологией метаболических путей.

Эта находка, опубликованная в журнале Scientific Reports — еще одно подтверждение идеи того, что рак головы и шеи имеет отчасти эпигенетическую природу.

Для тонкой регуляции генов клетки придумали множество способов. В частности, активность гена может зависеть от состояния других, регуляторных участков ДНК. По действию последние можно разделить на «включатели» (энхансеры) и «выключатели» (сайленсеры).

В последние несколько лет исследователи начали находить в геноме целые батареи энхансеров, лежащих друг за другом и назвали их суперэнхансерами. Они густо населены разнообразными эпигенетическими метками вроде модифицированных гистонов или ДНК-метилирования и работают посадочными площадками для факторов транскрипции. Их количество и качество влияют на активность генов, отвечающих за клеточную идентичность, в том числе и онкогенов. Во многих онкологических заболеваниях суперэнхансеры, скорее всего, играют не последнюю роль, но пока не описаны.

Эмили Флам (Emily Flam) и ее коллеги из Университета Джона Хопкинса описали простой алгоритм действий для нахождения и исследования суперэнхансеров.