На сайте Министерства образования и науки РФ размещён проект постановления Правительства России об утверждении Положения о Координационном совете Программы фундаментальных научных исследований государственных академий наук на 2013–2020 годы и его состава.

В документе перечисляются функции, возлагаемые на Координационный совет, первой из которых указывается формирование единой системы приоритетов фундаментальных научных исследований государственных академий наук. Также в задачи совета входят обеспечение координации мероприятий программы с планами фундаментальных научных исследований ведущих университетов, выявление проблем в ходе реализации программы. Совет должен проводить заседания не реже раза в год и ежегодно предоставлять в Правительство России отчёт о реализации программы.

Председателем Координационного совета назначен президент Российской академии наук Юрий Сергеевич Осипов, заместителем председателя – вице-президент РАН Александр Дмитриевич Некипелов. В состав совета войдёт ещё 34 человека, в числе которых президенты, вице-президенты и главные учёные секретари государственных академий наук, председатели региональных отделений РАН, представители Минобрнауки России, Федерального космического агентства, госкорпорации «Росатом», ОАО «РОСНАНО» и других организаций.