В современной науке объемы данных постоянно растут. В России впервые прошла школа по биоинформатике

«В современной науке объемы данных постоянно растут»: В России впервые прошла школа по биоинформатике Cold Spring Harbour

В России впервые проходит образовательный курс по биоинформатике по программе ведущей мировой лаборатории молекулярной биологии — Cold Spring Harbor. Корреспондент «Газеты.Ru» побывала на «школе» и выяснила, зачем российской науке биоинформатика и чем американская система преподавания отличается от российской

Образовательный курс «Анализ геномных данных» с участием преподавателей лаборатории Cold Spring Harbor (CSHL) организован «Роснано», «Сколтех», фондом «Династия» и фирмой «ИнтерЛабСервис». Большинство студентов — аспиранты и молодые кандидаты наук из академических лабораторий, однако есть и представители биотехнологических компаний, впрочем, тоже тесно связанных с наукой. Учебу проходят сотрудники ряда институтов РАН — Института биоорганической химии, Института биологии гена, Института проблем передачи информации, СО РАН. Все обучение проходит на английском языке, на английском же студенты подавали заявки для участия.

  • CSHL является самым успешным научным и образовательным центром биомедицинского направления, который устойчиво занимает первое место в рейтинге Thomson Reuters по публикациям в области молекулярной биологии и генетики.

«Это потрясающий опыт, — говорит один из преподавателей, профессор Северо-Западного университета (Иллинойс) Розмари Браун. — Студенты замечательно подготовлены, очень заинтересованы и схватывают на лету. Что особенно приятно и мотивирует меня как преподавателя — я ощущаю, что происходит обмен информацией. Студенты задают вопросы, и я сама учусь, общаясь со студентами».

Из более чем сотни претендентов были отобраны лишь 16. Занятия в маленькой группе проходят отчасти в формате диалога с преподавателем, так как учеба касается практических аспектов анализа геномных данных.

«Уроки» включают в себя и лекции, и практические занятия на компьютерах. Двое преподавателей — Марк Реймерс и Розмари Браун — приехали из США. Кроме того, лекции читают российские эксперты, в числе которых Михаил Гельфанд, а часть занятий будут проходить в формате Skype-лекций, которые эксперты из США прочтут с помощью видеосвязи.

Учебный план очень насыщенный, студенты работают с 8.30 утра и до позднего вечера: Skype-лекции из-за разницы во времени проходят как раз поздним вечером.

  • Студенты-участники школы отмечают важность получения самых современных научных знаний, устанавливают научные контакты и планируют внедрить изученные методики в своих лабораториях.

«Это очень хороший курс, мы очень рады принять в нем участие. Здесь мы знакомимся с современными методами обработки объемных биологических данных. В современной науке объемы данных постоянно растут, их уже нельзя обрабатывать с карандашом и листом бумаги.

Биологи зовут на помощь компьютерщиков, компьютерщикам нужно работать с биологами, чтобы понимать постановку задачи.

Мы осваиваем рабочие методы обработки информации, которые сейчас активно используются на Западе, и сравниваем с нашими, это очень важно.

Кроме того, здесь мы все из разных областей знания — есть и компьютерщики, и биологи. Мы устанавливаем профессиональные контакты, возможно, сможем работать в коллаборации. Мы объединяем наши усилия, чтобы каждый мог внести свой вклад и в области фундаментальной науки, и в области применений — медицину, сельское хозяйство, экологию», — сказал Александр Тяхт, студент школы из НИИ физико-химической медицины.

«У нас есть такая проблема: люди приходят, и нужно проводить «курс молодого бойца», учиться анализировать данные, полученные с помощью различных методов, очень много информации. И, чтобы правильно ее интерпретировать, чтобы не закопаться, а сделать правильные выводы, нам нужно применять новые методы анализа этих данных, чему нас и учат здесь.

В нашей лаборатории, например, мы занимаемся геномикой бактерий, в том числе социально значимых типа туберкулеза, геномикой человека, генетическим тестированием, метагеномикой — это изучение геномного материала из среды, например, организма человека, почвы, озера, это очень важно для изучения здоровья человека. Теперь я смогу поделиться своими знаниями со студентами, которые работают у нас», — пояснил Тяхт.

«Это мой восьмой курс в Cold Spring Harbor. В первый раз меня пригласили организовать курс в 2005 году. В этот раз инициатива исходила от Татьяны Николенко из «Роснано» — она обратилась в CSHL, а они уже перенаправили ее ко мне. Мы организуем выездные курсы на базе наших программ в разных местах, отчасти модифицируя их под аудиторию, ее задачи. Недавно, например, подобный курс читался в Бассано, в Италии. Этот курс тоже имеет свои отличия — он более математизированный, так как среди студентов больше людей с математическим бэкграундом», — пояснил профессор Марк Реймерс из Медицинской школы Университета Вирджинии.

«Эта школа организована очень хорошо, но всегда есть отдельные трудности. Английский не родной язык для студентов, и нам немного трудно общаться с ними так свободно и неформально, как нам бы хотелось. Иногда прямо заметно, какие ребята прикладывают усилия, чтобы все хорошо усвоить. Несмотря на это, у нас случаются очень интересные дискуссии, студенты очень стараются, они очень мотивированы и заинтересованы. Для нас очень важно спровоцировать обсуждение, вопросы. Потому что в науке важно не только овладеть каким-то умением, но и правильно поставить задачу, в нужный момент задать вопрос. Научный уровень студентов очень хороший, в среднем несколько выше, чем у наших обычных студентов в Cold Spring Harbor. У нас было более ста заявок, и я надеюсь, что мы прочитаем этот курс еще раз, чтобы охватить большую аудиторию», — подытожил Реймерс.

Александра Борисова

http://www.gazeta.ru/…676161.shtml



nikst аватар

В России впервые проходит образовательный курс по биоинформатике по программе ведущей мировой лаборатории молекулярной биологии — Cold Spring Harbor. Корреспондент «Газеты.Ru» побывала на «школе» и выяснила, зачем российской науке биоинформатика и чем американская система преподавания отличается от российской.

  • Эх, где мои 17 лет?!.. Поневоле позавидуешь нынешним студентам и аспирантам…

Помню, мне надо было по дипломной работе заняться статистической обработкой полученных результатов. Времена были дремучие, но учебники тогда выпускали хорошие. Проштудировал я тогда один из таких учебников (рекомендованный старшими товарищами). И так увлёкся этим делом, что потом на заседаниях кафедры (в присутствии руководителя) прочитал несколько лекций на эту тему…

  • Так и здесь. Наверняка пригодятся эти знания современным студентам и аспирантам. Новых им знаний и успехов в науке!..